Quantitative Biology

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Comment on 'Length-dependent translation of messenger RNA by ribosomes'

1. 논문의 배경과 목적 Valleriani 외 연구진은 메신저 RNA(mRNA)의 길이에 따른 단백질 합성 속도를 모델링하는 간단한 방법을 제시했습니다. 이 모델에서 mRNA 분해 과정은 ωr이라는 상수로 표현되며, 리보솜에 의한 번역 속도는 ωtl로 표기됩니다. 단백질의 분해 속도는 ωp로 나타내어져 있으며, 이들 간의 비율 r ωtl/ωp가 mRNA 길이에 따라 어떻게 변하는지 분석합니다. 2. 번역 비율 r을 얻기 위한 세 가지 방법 본 논평에서는 Valleriani 연구진의 모델을 확장하여, 번역 비율 r을 얻는 세 가지

May 30, 2015

Quantitative Biology Physics

A Simple Proposal for a Solution to the Accommodation-Vergence Mismatch Problem in 3D Displays

본 논문은 3D 디스플레이에서 발생하는 숙박 시야 맞춤(Accommodation Vergence Mismatch, AVM) 문제에 대한 해결책을 제안하고 있다. 이 연구는 특히 시청자가 3D 콘텐츠를 볼 때 경험할 수 있는 불편함과 피로감을 줄이는데 초점을 맞추고 있다. 숙박 시야 맞춤 불일치의 원인 숙박 시야 맞춤 불일치는 인간 눈의 조절 기능(초점 길이 변경)과 수렴 기능(두 눈의 시선을 하나로 모으는 것) 사이의 불일치를 의미한다. 평면 디스플레이와 3D 스테레오 디스플레이 간의 차이는 특히 두 눈의 초점 길이와 수렴각에 있다

September 19, 2012

Quantitative Biology Physics

No Image

Long Brief Pulse Method for Pulse-wave modified Electroconvulsive Therapy

본 논문은 전기경련요법(Electroconvulsive Therapy, ECT)의 효과성과 관련된 중요한 발견들을 제시하고 있습니다. 특히, 장기 간격 펄스(Long Brief Pulse) 방법이 조현병 환자에서 경련 유도에 더 효과적일 수 있다는 점을 강조합니다. 1. 연구 배경 및 목적 전기경련요법은 다양한 정신질환 치료에 사용되며, 특히 발작 일반화 가설(Seizure Generalization Hypothesis)에 따라 전두엽 전체로의 발작 확산이 중요하다고 알려져 있습니다. 그러나 많은 환자들이 고문턱으로 인해 발작 유도

September 14, 2012

Quantitative Biology Physics

Nucleated polymerisation in the presence of pre-formed seed filaments

: 본 논문은 오오사와(Oosawa)의 고전적인 누클레이티드 중합 이론을 확장하여, 생물 필라멘트 성장을 설명하는 새로운 관점을 제시합니다. 특히 주된 관심사는 사전 형성된 씨앗 물질이 존재하는 시스템에서의 중합 과정입니다. 1. 누클레이티드 중합 이론의 배경 오오사와는 1960년대에 생물 필라멘트 성장을 설명하기 위해 누클레이티드 중합 이론을 개발했습니다. 이 이론은 주된 누클레이션과 길어짐, 그리고 분해 과정을 고려하여 액틴과 튜불린 같은 단백질의 중합을 설명합니다. 이후 에튼과 페론네는 이 이론을 확장하여 차세대 누클레이션 경

July 08, 2011

Quantitative Biology Physics Condensed Matter

Rigidity analysis of HIV-1 protease

본 논문은 HIV 1 프로테아제의 구조 강도를 분석하는 데 초점을 맞추고 있습니다. HIV 1 프로테아제는 AIDS 바이러스의 복제 과정에서 중요한 역할을 하는 효소로, 이 효소의 구조와 기능에 대한 이해는 항바이러스 치료법 개발에 있어 핵심적인 요소입니다. 본 연구에서는 FIRST(Flexible and Rigid Clusters) 소프트웨어를 활용하여 HIV 1 프로테아제의 강도 분석을 수행했습니다. FIRST 소프트웨어는 페블 게임 알고리즘을 기반으로 하며, 단백질 내에서 결합에 의한 제약 조건과 원자 자유도를 매칭시켜 강고한

April 12, 2011

Analysis Quantitative Biology

Benchmarking Preprocessing and Integration Methods in Single-Cell Genomics

본 논문은 단일세포 다중모달 데이터 분석 파이프라인의 핵심 단계인 정규화, 통합, 차원 축소를 체계적으로 비교함으로써 현재 사용되는 방법들의 실제 적용 가능성을 평가한다. 먼저 정규화 단계에서는 총 7가지 방법을 시험했는데, 이는 전통적인 로그 변환, SCTransform, CPM, TPM 등부터 최신의 베이지안 기반 정규화까지 포괄한다. 정규화는 각 세포의 기술적 변동성을 최소화하고, 서로 다른 모달리티 간의 스케일 차이를 조정하는 데 필수적이며, 논문은 정규화 선택이 통합 결과에 미치는 영향을 정량적으로 제시한다. 통합 단계에서

January 01, 2026

Quantitative Biology

No Image

More Mouldy Data: Another mycoplasma gene jumps the silicon barrier into the human genome

: 이 논문은 생명정보학 분야에서 중요한 이슈 중 하나인 데이터베이스 오염에 대해 깊게 다룹니다. 특히, 인간 유전체 서열 데이터의 정확성과 신뢰성이 중요함에도 불구하고, 이러한 데이터가 곰팡이 DNA로 오염되어 있다는 사실을 발견한 연구진은 이 문제를 심각하게 받아들입니다. 1. 데이터베이스 오염의 배경 인간 유전체 서열이 처음 출판되었을 때부터, 데이터 정화 문제가 논의되었습니다. 그러나 이러한 논의는 주로 기술적 측면에 초점을 맞추었으며, 실제 데이터 오염 문제를 완전히 해결하지 못했습니다. 최근 연구에서는 인간 유전체 서열이

May 02, 2014

Quantitative Biology Data

On drug transport after intravenous administration

본 논문은 약물 단백질 결합의 역동성과 이를 기반으로 한 수학적 모델링 접근법에 대해 심도 있게 다룬다. 주요 내용은 다음과 같다: 1. 약물 단백질 결합의 정의와 역할 : 약물 단백질 결합은 단백질과 약물 분자 간의 일시적인 결합으로, 이는 질량 작용 법칙에 따라 밀리초 단위로 진행된다. 실험실 환경에서 비결합된 약물 분자는 자유 약물 혈중 농도와 총 혈중 약물 농도의 비율을 통해 계산되며, 이는 새로운 약물 설계 시 중요한 역할을 한다. 2. 자유 약물 가설에 대한 의문 제기 : 스미스 연구팀은 '자유 약물 가설'에 대해 의문을

August 21, 2012

Quantitative Biology

Dinamics of HPV Infection among Women with Cervical Lesions

: 본 연구는 인류 유두종 바이러스(HPV)의 역학을 분석하고, 특히 자궁경부 병변을 가진 여성에서의 HPV 감염과 관련된 다양한 측면을 조사하였다. 연구는 293명의 여성 환자를 대상으로 진행되었으며, 이들 중 자궁경부 양성 병변이 있는 환자는 88명(30.0%), CIN(Cervical Intraepithelial Neoplasia)은 101명(34.3%), 그리고 자궁경부암은 104명(35.6%)으로 구성되었다. HPV 감염의 일반적인 특징 감염률 : 첫 번째 검사에서, 자궁경부 양성 병변이 있는 환자의 61.3%, CIN 환

November 08, 2011

Quantitative Biology

On inconsistencies in passive pharmacokinetics

본 논문은 수동 약물 동력학에서 일관성 없는 결과의 원인을 탐색하는데 초점을 맞추고 있다. 저자들은 이러한 불일치가 적절한 진화 방정식의 부재로 인해 발생할 가능성이 높다고 주장한다. 이는 약물 동력학 연구에서 중요한 문제를 제기하며, 특히 실험 결과의 일관성과 예측력을 향상시키는 데 있어 핵심적인 역할을 한다. 논문은 한 개실 모델을 사용하여 이러한 불일치를 설명한다. 이 모델은 약물이 시간에 따라 어떻게 변화하는지 나타내는 방정식을 통해 약물 동력학의 기본 원리를 보여준다. 특히, $C(t)$는 시간 $t$에서의 약물 농도를 나

September 09, 2011

Quantitative Biology

No Image

Multiscale Modelling: A Mobile Membrane Approach

: 본 논문은 생물학적 과정 연구에 있어 다중 규모 모델링의 중요성과 그 구현 방법을 탐구하고 있습니다. 특히, 이동성 막 시스템이 이러한 모델링 접근법에서 중요한 역할을 하는데 초점을 맞추고 있습니다. 1. 다중 규모 모델링의 필요성 자연 현상은 다양한 공간적 및 시간적 규모에서 상호작용하며 발생합니다. 따라서, 이를 효과적으로 연구하려면 다중 규모 모델링이 필수적입니다. 복잡 자동문(CxA)은 이러한 다중 규모 접근법을 구현하는 데 가장 적합한 시스템으로 간주됩니다. 2. 이동성 막 시스템의 활용 이동성 막 시스템은 생물학적 움

August 18, 2011

Formal Languages Quantitative Biology Model Computer Science Emerging Technologies

Multiscale approach for bone remodeling simulation based on finite element and neural network computation

: 본 논문은 골 재구성 과정을 시뮬레이션하기 위한 새로운 다중 규모 접근 방식, 즉 하이브리드 FENN(Finite Element and Neural Network) 방법을 제안한다. 이 방법의 핵심은 유한 요소 분석과 인공 신경망 계산을 결합하여 골 재구성 과정에서 발생하는 복잡한 현상을 효과적으로 모델링하고 시뮬레이션할 수 있도록 하는 것이다. 1. 다중 규모 접근 방식의 필요성 골 재구성은 뼈의 미세 구조부터 거시적 행동까지 다양한 규모에서 발생하는 복잡한 과정이다. 이 과정을 정확하게 모델링하기 위해서는 각 수준에서의 상호

July 20, 2011

Quantitative Biology Model Network Physics

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Harmonic analysis of spherical sampling in diffusion MRI

본 논문은 확산 MRI에서 다중 셸 구형 샘플링의 효율성을 이론적으로 분석하고, 이를 통해 HYDI와 유사한 접근 방식에 대한 이해를 증진시키며 향후 최적화 전략을 제시하는 것을 목표로 한다. 연구는 확산 MRI에서 중요한 역할을 하는 방향 분포 함수(ODF)의 계산 방법과 그 과정에서 발생할 수 있는 문제점들을 집중적으로 다룬다. 1. ODF와 구면 조화 변환(SH) ODF는 확산 신호를 방향별로 분석하여 뇌 내 미세구조의 방향성을 파악하는 데 중요한 역할을 한다. 이 논문에서는 ODF를 계산하기 위해 구면 조화 변환(SH)을 사

June 02, 2011

Quantitative Biology Analysis Physics

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Extrapolation of Urn Models via Poissonization: Accurate Measurements of the Microbial Unknown

본 논문은 미생물 공동체 내의 다양성을 측정하는 기존 방법론의 한계를 극복하고자, 샘플링되지 않은 클래스의 비율을 예측하는 새로운 접근 방식을 제안한다. 이는 미생물 연구에서 중요한 문제 중 하나인 '미지의 양'에 대한 정확한 측정을 가능하게 한다. 논문은 우른 모델과 포상화 논증을 활용하여, 아직 발견되지 않은 종의 존재를 가정하고 이를 예측하는 방법을 제시한다. 이는 샘플링된 데이터에서 미지의 양을 추론하는데 있어 중요한 발전이다. 특히, 고정된 샘플 크기에서도 원본 샘플의 하위 집합에 대해 매우 정확한 예측 결과를 제공함으로써

September 15, 2011

Quantitative Biology Statistics Mathematics Model

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Electrical Engineering and Systems Science

General

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General Relativity

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Quantitative Biology

Comment on 'Length-dependent translation of messenger RNA by ribosomes'

A Simple Proposal for a Solution to the Accommodation-Vergence Mismatch Problem in 3D Displays

Long Brief Pulse Method for Pulse-wave modified Electroconvulsive Therapy

Nucleated polymerisation in the presence of pre-formed seed filaments

Rigidity analysis of HIV-1 protease

Benchmarking Preprocessing and Integration Methods in Single-Cell Genomics

More Mouldy Data: Another mycoplasma gene jumps the silicon barrier into the human genome

On drug transport after intravenous administration

Dinamics of HPV Infection among Women with Cervical Lesions

On inconsistencies in passive pharmacokinetics

Multiscale Modelling: A Mobile Membrane Approach

Multiscale approach for bone remodeling simulation based on finite element and neural network computation

Harmonic analysis of spherical sampling in diffusion MRI

Extrapolation of Urn Models via Poissonization: Accurate Measurements of the Microbial Unknown

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Table of Contents

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Comment on 'Length-dependent translation of messenger RNA by ribosomes'

A Simple Proposal for a Solution to the Accommodation-Vergence Mismatch Problem in 3D Displays

Long Brief Pulse Method for Pulse-wave modified Electroconvulsive Therapy

Nucleated polymerisation in the presence of pre-formed seed filaments

Rigidity analysis of HIV-1 protease

Benchmarking Preprocessing and Integration Methods in Single-Cell Genomics

More Mouldy Data: Another mycoplasma gene jumps the silicon barrier into the human genome

On drug transport after intravenous administration

Dinamics of HPV Infection among Women with Cervical Lesions

On inconsistencies in passive pharmacokinetics

Multiscale Modelling: A Mobile Membrane Approach

Multiscale approach for bone remodeling simulation based on finite element and neural network computation

Harmonic analysis of spherical sampling in diffusion MRI

Extrapolation of Urn Models via Poissonization: Accurate Measurements of the Microbial Unknown

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