공간 래핑 구획 계산법

Calculus of Wrapped Compartments(CWC)는 생화학적 시스템을 컴파트먼트(구획)와 그 안에 포함된 원자들의 멀티셋으로 표현하고, 확률적 재작성 규칙을 통해 동역학을 모델링하는 형식 언어이다. 기존 CWC는 공간 정보를 명시적으로 다루지 않지만, 컴파트먼트 라벨과 랩 구조를 이용해 2차원 격자 형태의 공간을 자연스럽게 구현할 수 있다는 점을 저자들은 이전 연구에서 제시하였다. 그러나 대규모 격자와 복잡한 초기 상태를 직접 기술하면 모델링 작업이 장시간 소요되고 오류가 발생하기 쉬웠다. 이를 해결하고자 본 논문은 CWC 위에 “표면 언어(surface language)”라는 고수준 구문을 도입한다. 표면 언어는 크게 네 부분으로 구성된다. 첫째, 격자 차원을 선언하고, 좌표 원자(row.column)를 랩에 삽입해 각 셀을 ‘공간 컴파트먼트’로 정의한다. 이때 공간 라벨(soil, water 등)은 셀의 환경 특성을 나타내며, 라벨은 규칙 적용 시 조건으로 사용된다. 둘째, 좌표 집합을 표현하기 위한 문법을 제공한다. rect